Το κτήριο αυτό αποτελούσε το καθολικό της μονής και ήταν αφιερωμένο στη Παναγία των Αυγουστινιανών "SantaMaria". Η εκκλησία έχει ορθογωνικό σχήμα και στεγάζεται με τρεις μικρούς τρούλους, οι οποίοι αντικατέστησαν την κεραμοσκέπαστη στέγη της βενετικής εκκλησίας.
Το θύρωμα της εισόδου του κτηρίου είναι ένα από τα εντυπωσιακότερα του Ρεθύμνου. Το διπλανό παρεκκλήσι ήταν αφιερωμένο στο Σώμα του Χριστού. Η εκκλησία μετατράπηκε σε τζαμί το 1657 ενώ το παρεκκλήσι του σε οθωμανικό ιεροσπουδαστήριο.
Το 1890 προστέθηκε μεγάλος μιναρές με δύο εξώστες, σχεδιάστηκε από το μηχανικό Γεώργιο Δασκαλάκη και είναι ο ψηλότερος του Ρεθύμνου. Σήμερα, το "Τζαμί Νερατζέ" φιλοξενεί το Ωδείο της πόλης.