Το Αρχαιολογικό Μουσείο βρίσκεται πάνω στο λόφο του Φρουρίου Φορτέτζα, απέναντι από την κύρια ανατολική είσοδo. Στις προθήκες του εκτίθενται αντικείμενα που προέρχονται αποκλειστικά από τους αρχαιολογικούς χώρους του νομού Ρεθύμνης.
Η έκθεση αναπτύσσεται περιμετρικά της αίθουσας και καλύπτει το διάστημα από τη νεολιθική έως και τη ρωμαϊκή περίοδο.