Μεταξύ των προμαχώνων του Αγ. Νικολάου και του Αγ. Παύλου υπάρχει μια μικρή εκκλησία αφιερωμένη στον Αγ. Θεόδωρο τον Τριχινά.
Πρόκειται για ένα τυπικό μονόχωρο θολωτό εκκλησάκι.
Εγκαινιάστηκε στις 21 Μάρτη του 1899 από τον διοικητή των Ρωσικών δυνάμεων κατoχής του Ρεθύμνου "Θεόδωρο Δε Χιόστακ".
Δεν είναι εντελώς σίγουρο ότι η σημερινή εκκλησία είναι επισκευή κάποιας παλαιότερης Βενετσιάνικης.
Από παρατηρήσεις σε έγγραφα και σχεδιαγράμματα των Βενετών φαίνεται ότι στην ίδια θέση προυπήρχε άλλη εκκλησία.