Μεταξύ των αιχμών του Αγίου Σώζοντος και της Αγίας Ιουστίνης βρίσκεται το συγκρότημα των αποθηκών του Φρουρίου. Συνδυασμένο με τους χώρους φρουράς της βόρειας βοηθητικής πύλης που υπάρχει στο ίδιο σημείο αποτελεί το κυριότερο συγκρότημα αποθηκών της Φορτέτζας του Ρεθύμνου.
Σύμφωνα με ενετικά έγγραφα το 1584 είχε αρχίσει η κατασκευή αποθηκών για τη φύλαξη τροφίμων (κρασιού, ξυδιού, λαδιού, τυριών, σιτηρών και μέλι).
Ενδιαφέρον παρουσιάζει η θέση του συγκροτήματος στο βόρειο τείχος καθώς και ο τρόπος διάρθρωσης του, αφού είναι γνωστό τι σημαίνει καλός και επαρκής εφοδιασμός και φύλαξη αγαθών σε μια οχύρωση, κυρίως σε περίπτωση πολιορκίας.